Gintama geht auf Zeitreise, um die Zerstörung der Welt zu verhindern. In der Zukunft ist Gintoki verschwunden und die Alles-Agentur existiert nicht mehr, seine Freunde Shinachi und Kagura leben auf Kriegsfuß. Wo ist Gintoki bloß? Und wer ist für die Zerstörung verantwortlich?